Сюжет игры заключается в том что Артем, герой первой части метро, уничтожил всех "Черных", и все люди думали что их больше нет, но не тут то было, они обнаружили маленького детеныша "черного".

Миссия Артема заключалась в том, что бы словить и уничтожить то непонятное создание. Что Артем частично и выполнил. Он нашел маленького "Черного" но он его не убил а наоборот подружился.

Все протяжения игры маленький монстрик помогал главному герою выйти на истинный путь. Он рассказал ему что на ихнюю станцию готовится нападения, и Артем должен был доложить эту информацию главнокомандующему.

Впрочем, не буду уничтожать ваш интерес, и оставлю маленькую интрижку. Качайте не пожалеете.