После того как Артём(главный герой игры) разбомбил логово Черных(гуманоидные существа которые нагоняли на обитателей Метро страх) и доложил о ликвидации целого вида крупных млекопитающих, герой понимает что совершил огромную ошибку, ведь Черные не были угрозой для людей, а напротив хотели выйти на контакт с людьми, ведь они были единственной надеждой человечества на возвращение на поверхность.
После Артем возвращается в Метро, где его встречают как героя и берут в Спарту(отряд который защищает Метро).
Прошёл год и Спартанцы обнаруживают одного выжившего Черного и Артему поручают его добить.
У героя по этому поводу другое мнение...

Как по мне игра очень интересна, сложно понять что происходит если не играть часть за частью, очень внимательно наблюдая и ничего не пропуская.
Стоит учесть, что игра предназначена не для всех, во-первых ее могут не понять, во-вторых есть моменты 18+.