Технологический прогресс, общество потребления, постиндустриальная цивилизация и информатизация неуклонно приближают конец нашего мира. Однако люди так привыкли каждое утро видеть рассвет, что не в состоянии поверить в то, что однажды страшное слово «апокалипсис» став реальностью, воплотит ужасающие кошмары их снов. Экологическая катастрофа на долгую тысячу лет превратит планету в безжизненную пустыню. Грязно-ржавые облака скроют синеву неба. Мусор отходов и пыль разрушений отравят воду, а ядовитый газ — воздух. Люди начнут вымирать. И только редкие купола одиноких разрозненных городов будут жалкими оазисами жизни в тысячелетних сумерках полубытия планеты. Вот такое будущее — жизнь под куполом и вне его — показывает зрителю «Эрго Прокси».

Лицо идеального гражданина — лицо без эмоций. Главный смысл жизни людей под куполом — наращивание потребления, подчинение установленным правилам, периодическое избавление от ненужных вещей. Разумность — удел избранных, чувствительность как таковая вообще не приветствуется. Каждый гражданин имеет искусственное происхождение и порядковый номер. Люди и андроиды (ауторейвы) как бы меняются местами. Люди лишаются ключевых человеческих особенностей и становятся фактически биологическими машинами, винтиками огромного механизма «идеального города». В то время как ауторейвы, во всяком случае, те из них, которые подвергаются заражению вирусом «когито» — наделяются душой. Они учатся мыслить самостоятельно, не ожидая команд и не копируя поступки людей. Но на этом не останавливаются, начиная испытывать человеческие эмоции. Весь этот процесс трансформации робота-компаньона в настоящую маленькую личность проходит девочка-ауторейв Пино.

Знаменитая фраза Рене Декарта: Cogito ergo sum — многократно обыгрывается в сюжетной линии аниме в буквальном и перефразированном виде. Это не столько «я мыслю, значит, существую», сколько «я мыслю, значит, ты существуешь». Так говорит главному герою Винсенту его второе «Я», его Прокси-сущность. Является ли он независимой личностью сотворившей себя сам или же результатом творения? Что это как не воплощение старого спора объективистов и субъективистов: определяет ли бытие сознание или это сознание определяет бытие. Множество противоречивых мыслей и утверждений, обрывков информации, осколков знаний и чьих-то утверждений сталкиваются в сознании Винсента, вызывая у него когнитивный диссонанс.

Редко в каком хорошем фильме можно найти такое количество разного рода цитат: как визуальных, так и литературных. Еще реже можно с уверенностью сказать, что все цитаты уместны. Вначале многое кажется бессистемным малоосмысленным и неоправданным, но постепенно зрительское восприятие приспосабливается и начинает совмещать фрагменты гигантской причудливой мозаики. Причём авторы непросто втиснули в сериал огромное количество реминисценций, но с большим воодушевлениям, а с юмором, переходящим временами в острый сарказм, поиграли как с ними, так и с воображением зрителя, мотивируя его на поиски пресловутого глубинного смысла. В результате получился гигантский 23-х серийный кроссворд с единым сюжетом. В нём множество философских, мифологических, литературных и кинематографических загадок. Советники регента города под куполом носят имена четырех выдающихся философов двадцатого века: Беркли, Деррида, Гуссерль и Лакан. Каждый из них высказывает умозаключения соответственно ключевым тезисам своей концепции. Зал, где заседает регент, убран статуями, напоминающими скульптуры времени суток с надгробия Джулиано Медичи, выполненных Микеланджело Буонарроти. Хранитель Памяти Винсента, живущий в книжном магазине «Огни Большого города», цитирует некоторые мысли Гераклита о «логосе», «биосе» и теорию Русо о происхождении языка. В мертвом городе галлюцинаций подруга главного героя Рил временно станет аллюзией на картину прерафаэлита Миллеса «Офелия». А её воссозданная гениальным учёным с красноречивым именем Дедал живая копия будет ходить по лабиринтам лабораторий с клубком красных ниток в руках.

Но даже если ответить на все вопросы гигантского кроссворда и прояснить все явные и скрытее смыслы, то всё равно не найти однозначного ответа на ключевой вопрос сериала: что же такое Прокси. Зато сознание отчётливо запечатлит, а память надолго сохранит и будет услужливо воспроизводить яркие образы героев и впечатляющие интерьеры с обилием прекрасных скульптур в стиле Возрождения и барокко, а так же сам фантасмагорический постапокалипсический мир, окутанный готическим сумраком.