В романе параллельно развиваются два сюжета - один во времена Второй Мировой войны, другой - уже в нашем времени, примерно в "нулевых". И обе сюжетные линии можно уже считать альтернативной историей, но не навязчивой (как в какой-нибудь отечественной макулатуре о попаданцах в прошлое), а настолько умной и естественной, что веришь в происходящее даже несмотря на незначительные отклонения от реальных фактов. В истории о войне с Нацистской Германией и её союзниками - читатель во всех подробностях узнает аппетитные интересности о взломе "Энигмы" и других подобных шифровальных машин, какую роль это сыграло в войне, какими хитроумными способами скрывали факт взлома и почему. В истории о нашем времени - балом уже правят хакеры и криптовалюта (да-да, чуть позже после выхода романа на самом деле появились биткоины и начали набирать бешеную популярность!), и всё это взаимосвязано, как и создание компьютеров, интернета с теми временами Второй Мировой войны, когда чуть ли не впервые широкомасштабно использовались все виды дезинформации и манипулирования сознанием через все виды коммуникаций.

«Криптономикон» удачно сложен стилистически, при этом автор радует своей эрудицией и подкованностью в самых разных вопросах самых различных сфер деятельности. Несмотря на внушительную технологичность книги, роман обладает яркой высокохудожественной формой, даже можно сказать - яркой поэтичностью, красотой. Даже удивляет, как эти две почти взаимоисключающие особенности уживаются друг с другом, даже красиво дополняют друг друга. Разбивая на отдельные жанры, тут можно выделить их целое множество: криптография, технотриллер, военная хроника, военный боевик, альтернативная история, приключения и, конечно же, реалистичная драма. Даже без романтики не обошлось. Но иногда автора «заносит», некоторые перегруженные технической информацией описания и моменты выглядят лишними, раздутыми, словно - ради авторского эпатажа. Хотя иногда действительно смешно получается, даже в таком виде (может, игра всё-таки стоила свеч?). Да и технотриллер вышел чрезвычайно необычайным — слишком позитивным и юмористическим (скорее даже сатиристическим): поэтому все ужасы и страхи Второй Мировой войны и неожиданные смерти некоторых главных героев воспринимаются читателем без всякого сопереживания, что может немного покоробить.

Стоит так же отметить, что автор очень нейтрально и объективно смотрит на все имеющиеся факты о войне, о странах-участниках, и показывает всех с одинаковой нейтральностью, подчёркивая очевидные особенности, плюсы и минусы каждой. Здесь нет ненависти к фрицам или япошкам, здесь нет клюквы по отношению к русским, здесь нет американского или британского патриотизма. Люди везде одинаковы. Люди везде разные. И в этом вся суть. Автор это и понимает, и многократно так или иначе подчёркивает.