Рассмотрю только важные кричащие ляпы.
Начнем по порядку с первой неадекватности.
1 Генерал армии убивает ученого.
- Ученых ценили.
- При чем тут армия? КГБ, ГРУ - ещё понятно. И они бы были в гражданском. Но просто пехота, в особенности руководит проектом с выездом за границу? (это полный идиотизм!)
2 Строительство бункера на территории США. Не возможно в принципе. Особенно в годы Холодной войны
3 Уже упомянутая форма пехоты. Причем ходят в форме в бункере на територии США.
4 Оправданием строительства бункера назвали невозможность пробить портал в СССР. Если бы дали задание - пробили бы и уж точно не стали проводить очень опасную операцию по строительству бункера на территории противника.

Итого первые два сезона - замечательные, третий пересмотру не подлежит.